Madrasah Diniyah adalah bagian dari program pendidikan reguler yang fokus pada kajian-kajian non Al-Quran dan Bahasa Arab, seperti Fiqh, Akhlaq, dan lain sebagainya.
Jenjang pendidikan di madrasah diniyah ditempuh selama 6 (enam) tahun yang dibagi menjadi 2 (dua) tahap:
Ditempuh oleh para santi pada tahun pertama masuk pesantren. Pada tahap ini, santri diberi kajian-kajian dasar keislaman dengan alokasi waktu 2 jam per hari atau 20% dari keseluruhan waktu belajar yang harus ditempuh dalam sehari.
Tahap ini ditempuh selama 5 (lima) tahun masa belajar sebagai kelanjutan dari tahap dasar dengan materi kajian yang lebih lengkap dan luas sesuai dengan tingkatan kelasnya. Pada tahap ini, alokasi waktu yang diberikan adalah 3 jam per hari, dengan rincian 2 jam pada malam hari dan 1 jam pada pagi hari (bagi yang sekolah sore) atau 1 jam pada sore hari (bagi yang sekolah pagi), atau 60% dari total waktu yang disediakan dalam satu hari.
